La principal diferencia es que IMAP permite leer el correo sin tener que descargarlo en el equipo local. Todas las operaciones se realizan en el servidor y no en el equipo de usuario como hace POP3.
Además, permite la conexión de múltiples usuarios o programas gestores de correo de forma simultánea a un mismo propietario.
Permite la obtención parcial o total de los mensajes y sus adjuntos, así como, soporte para búsquedas en la parte del servidor.
IMAP es frecuentemente utilizado para configurar cuentas de correo en dispositivos móviles y tablet, para almacenear la información de correos electrónicos en línea, sincronizando con el servidor.
Mientras que POP3, se utiliza generalmente en un computador, almacenando todo correo electrónico en el mismo equipo, sin efectuar sincronización con el servidor.